Tổ chức tiền thân của Liên đoàn bóng đá Việt Nam là Hội bóng đá Việt Nam (Vietnam Football Association). Hội thành lập năm 1960 có chủ tịch là Hà Đăng Ấn và phó chủ tịch là Trương Tấn Bửu.[6]

Tháng 8 năm 1989 tại Đại hội Liên đoàn bóng đá Việt Nam lần thứ nhất, Liên đoàn Bóng đá Việt Nam được thành lập thay thế Hội bóng đá Việt Nam, chủ tịch liên đoàn là Trịnh Ngọc Chữ, phó chủ tịch là Ngô Xuân Quýnh, Trần Vĩnh Lộc và Lê Bửu. Tổng thư ký là Lê Thế Thọ.

Liên đoàn bóng đá Việt Nam đã tổ chức thêm 7 lần đại hội vào các năm 1993, 1997, 2001, 2005, 2009, 2014 và 2018.

Chủ tịch

1. Trịnh Ngọc Chữ (tháng 8 năm 1989–1991)
2. Dương Nghiệp Chí (quyền chủ tịch, năm 1991–tháng 10 năm 1993)
3. Đoàn Văn Xê (tháng 10 năm 1993–tháng 10 năm 1997)
4. Mai Văn Muôn (tháng 10 năm 1997–tháng 8 năm 2001)
5. Hồ Đức Việt (tháng 8 năm 2001–2003)
6. Trần Duy Ly (quyền chủ tịch, tháng 1 đến tháng 8 năm 2003)
7. Mai Liêm Trực (năm 2003–tháng 6 năm 2005)
8. Nguyễn Trọng Hỷ (tháng 6 năm 2005–2013)
9. Lê Hùng Dũng (quyền chủ tịch từ tháng 12/2013 đến tháng 3/2014; chủ tịch chính thức từ 3/2014 đến tháng 12/2018)
10. Lê Khánh Hải (từ tháng 12 năm 2018 - nay)

Tổng thư ký

1. Lê Thế Thọ (tháng 8 năm 1989–tháng 10 năm 1993)
2. Trần Bẩy (tháng 10 năm 1993–tháng 10 năm 1997)
3. Phạm Ngọc Viễn (tháng 10 năm 1997–21 tháng 1 năm 2005, từ chức[7][8])
4. Phan Anh Tú (quyền tổng thư ký, 21 tháng 1 năm 2005[8]–tháng 6 năm 2005)
5. Trần Quốc Tuấn (ngày 2 tháng 6 năm 2005–26 tháng 12 năm 2011[9])
6. Ngô Lê Bằng (ngày 28 tháng 2 năm 2012[10]–2014)
7. Lê Hoài Anh (ngày 31 tháng 3 năm 2014 đến nay)